Em terras brasileiras, os tribunais do Santo Ofício chegaram a ser instalados nos séculos XVII e XVIII. Porém não apresentaram muita força como aconteceu na metrópole (Portugal).

Como o Brasil estava subordinado ao Tribunal de Lisboa, este enviava à colônia brasileira os visitadores para observar e relatar como andava as questões de fé do povo brasileiro.

Ocorreram três visitações nas províncias brasileiras de Pernambuco, Bahia e no Maranhão e Grão-Pará.

Foram julgados, principalmente, alguns casos de heresias relacionadas a condutas morais e práticas religiosas dos brasileiros. A inquisição chegou também a perseguir alguns judeus que aqui moravam.

Não há relatos históricos de que no Brasil tenha havido torturas e enviou de pessoas para a fogueira, como ocorreu em terras européias.